Pôdohospodárska platobná agentúra (ďalej len „platobná agentúra“) bola zriadená zákonom č. 473/2003 Z. z. o Pôdohospodárskej platobnej agentúre, o podpore podnikania v pôdohospodárstve a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov s účinnosťou od 1.12.2003. Týmto dňom sa Agentúra SAPARD zlúčila s platobnou agentúrou. S účinnosťou od 1.1.2004 sa platobná agentúra stala právnym nástupcom zrušenej Intervenčnej poľnohospodárskej agentúry SR. Do štruktúry platobnej agentúry boli začlenení zamestnanci sekcie pôdohospodárskej platobnej agentúry Ministerstva pôdohospodárstva a rozvoja vidieka Slovenskej republiky (ďalej len „MPRV SR“) a regionálnych odborov MPRV SR.
V zmysle zákona č. 280/2017 Z. z. o poskytovaní podpory a dotácie v pôdohospodárstve a rozvoji vidieka a o zmene zákona č. 292/2014 Z. z. o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov je platobná agentúra orgánom štátnej správy pri poskytovaní podpory a dotácie.
Platobná agentúra je rozpočtovou organizáciou zapojenou finančnými vzťahmi na rozpočet MPRV SR. Činnosti spojené s poskytovaním podpory v pôdohospodárstve a rozvoji vidieka vykonáva len na základe akreditácie udelenej MPRV SR. Sídlom platobnej agentúry je Bratislava. Na zabezpečenie výkonu vybraných činností si platobná agentúra vytvára regionálne pracoviská s určeným rozsahom ich činnosti a územným obvodom ich pôsobnosti. Štatutárnym orgánom je generálny riaditeľ platobnej agentúry, ktorý riadi jej činnosť a je oprávnený konať v jej mene. Organizačnú štruktúru upravuje štatút platobnej agentúry, ktorý schvaľuje minister pôdohospodárstva Slovenskej republiky. Podrobnosti o organizačnej štruktúre upravuje organizačný poriadok platobnej agentúry.